Если вы работаете с криоЭМ, то будьте готовы, что файлы будут занимать МНОГО места. На наших серверах организованы специальные хранилища данных, чтобы всё влезало. Однако, важно соблюдать несколько правил, чтобы нигде ничего не переполнилось и не сломалось. Вот эти правила для сервера EMTASK:
- Сырые наборы данных, например, изображения с криомикроскопа, должны храниться только в
/home/_cryostorage/_datasets/ . Ни в коем случае нельзя хранить их в другом месте, только здесь.
- Название набора данных должно начинаться с даты съемки данных в формате 2023-02-19 (год-месяц-день), а также обязательно включать в себя название объекта. Например, так: “2023-04-19PhageT5” или “2022-03-25_Tetrasome”. Пожалуйста, не надо называть наборы данных “1full”, “test_project”, “01042022china” и т.д. Иначе потом невозможно найти нужные файлы, зато их можно случайно удалить.
- Проекты криоспарка нужно создавать только в
/home/_cryosparc_projects/
- Архивные проекты и наборы данных, например, по уже закрытым и опубликованным проектам, хранятся в
/home/_cryostorage/archive/.
- Личное пространство есть у каждого пользователя. Это ваша домашняя папка в
/home, например, /home/amoiseenko/. В ней вы можете хранить что угодно в удобном вам виде и никто не будет вас осуждать, во всяком случае, публично. Максимальный размер этого пространства ограничен. Если вы исчерпали лимит на размер вашей домашней папки, то сначала удалите все лишние файлы, а только потом пишите администратору письмо с просьбой выделить еще немножко места. Только, еще раз, не храните здесь сырые наборы данных и проекты криоспарка!
- Для криоспарка действует священное правило “Один объект - один проект”. Скажем, вся работа по бактериофагу Т4 ведется в одном проекте, а вся работа по ионному каналу kv7- в другом. Так получилось, что в криоспарке от пользователя по умолчанию скрыты все проекты, кроме тех, к которым ему вручную дали доступ. То есть, если вы новый пользователь, то список проектов у вас будет пуст. Перед тем, как создавать новый проект, обязательно спросите у администратора криоспарка, существует ли уже проект для такого объекта. В противном случае вы рискуете попасть на удаление проекта из-за дублирования.
- Из названия проекта в криоспарке должно быть однозначно ясно, по какому он проекту. Например, “Phage Т4” или “Ion Channel kv7”. Не нужно называть проекты “Test1”, “Олег”, “protein data” и т.д.
- Внутри криоспаркового проекта можно создавать много воркспейсов. Обязательно, чтобы воркспейс, в котором импортируется какой-то набор данных, содержал в названии дату, соответствующую этому набору данных. Воркспейс для каких-то отдельных этапов обработки можно называть произвольно, но понятно. Например, правильные названия: “2022-05-21 dataset”, “Heterogeneity analysis of domain A”, “Attempt to resolve inner body”. Не нужно называть воркспейсы “1”, “Олег Васильевич”, “test workspace” и т.д.